இது ஒரு சோழ மன்னர் தன் தங்கைக்கு சீதனமாக ஒரு நகரையும், கோட்டையையும் உண்டாக்கி கொடுத்த இடமாக கருதப்படுகிறது. பிற்காலத்தில், பாண்டிய மன்னர்களின் படையெடுப்பால் அவை அழிந்து வேம்புக்காடாக மாறியதாகவும், தொடர்ந்து அங்கு அம்மன் கோயில் உருவானதாகவும் கூறப்படுகிறது. வைணவி என்ற மாரியம்மன் சிலை ஸ்ரீரங்கத்தில் இருந்தது.
பிறகு அதனை எடுத்துக்கொண்டு தென் மேற்காக வந்து தற்போதுள்ள மாரியம்மன் கோவில் அமைந்துள்ள கண்ணனூர் அரண்மனை மேட்டில் வைத்துவிட்டு சென்றனர். அப்போது, காட்டு வழியாக சென்ற வழிப்போக்கர்கள், அச்சிலையை பார்த்து அதிசயப்பட்டு அக்கம்பக்கத்தில் இருந்த கிராம மக்களை கூட்டிவந்து அதற்கு ”கண்ணனூர் மாரியம்மன்” என்று பெயரிட்டு வழிபட தொடங்கினர்.
அதன்படி வெற்றிபெறவே, கோவிலை கட்டினார். விஜயரெங்க சொக்கநாத நாயக்கர் காலத்தில் கி.பி. 1706-ல் அம்மனுக்கு தனியாக கோவில் அமைத்தார் என்று வரலாற்று சான்றுகள் கூறுகின்றன. சுமார் 400 ஆண்டுகளுக்கு முன் தோற்றுவிக்கப்பட்ட கண்ணனூர் மாரியம்மன் கோவில் இன்று சமயபுரம் மாரியம்மன் கோவிலாக மாறி புகழ்பெற்று விளங்குகிறது.